最初に微生物を発見したことで知られるレーウェンフックが、1683年9月にイギリスの王立協会に送ったスケッチに、スピロヘータ様のらせん菌が描かれており、細菌発見の当初からその存在は知られていた。 スピロヘータという名称は1835年にEhrenbergが水中から見出したらせん菌につけたものが最初である。

病原性のスピロヘータとして最初に同定されたのは回帰熱ボレリアで、1873年のObermeierの発見による。