インフルエンザウイルスA属インフルエンザAウイルス（血清亜型がH2N2・H5N1・H7N7であるもの（新型インフルエンザ等感染症の病原体を除く。）又は新型インフルエンザ等感染症の病原体に限る。） (BSL3)

エシェリヒア属コリー（別名大腸菌）（腸管出血性大腸菌に限る。） (BSL2)

エンテロウイルス属ポリオウイルス (BSL2)

クリプトスポリジウム属パルバム（遺伝子型が一型又は二型であるものに限る。） (BSL2)

サルモネラ属エンテリカ（血清亜型がタイフィ又はパラタイフィAであるものに限る。） (BSL3)

志賀毒素（人工合成毒素であって、その構造式が志賀毒素の構造式と同一であるものを含む。） (BSL2)

シゲラ属（別名赤痢菌）ソンネイ、デイゼンテリエ、フレキシネリー及びボイデイ (BSL2)

ビブリオ属コレラ（別名コレラ菌）（血清型が01又は0139であるものに限る。） (BSL2)

フラビウイルス属イエローフィーバーウイルス（別名黄熱ウイルス） (BSL3)

マイコバクテリウム属ツベルクローシス（三種病原体等第二号に掲げる病原体を除く。） (BSL3)