感染症の病原体及び毒素は、6条19〜22項により、一種病原体等から四種病原体等までの特定病原体等と、特定病原体等に該当しない病原体等に分類される。この分類に基づいて、標準物質等としての所持、輸入、譲渡し及び譲受け、運搬、帳簿管理を制限し（56条の3〜38）、事故による疫病発生や生物兵器としての利用を防止する。

なお、後述「BSLx」の表記は、国立感染症研究所病原体等安全管理規定別表3<ref name="nih"></ref> に基づくバイオリスクグループ分類である。