都道府県知事は一類感染症のまん延を防止するため必要があると認めるときは、当該感染症の患者・保護者に対して医療機関（原則として特定感染症指定医療機関か第一種感染症指定医療機関）に入院を勧告することができる（19条1項）。この勧告を受けた者が勧告に従わないときは、当該勧告に係る患者を医療機関（原則として特定感染症指定医療機関か第一種感染症指定医療機関）に入院させることができる（19条3項）。これらの規定は二類感染症や新型インフルエンザ等感染症の患者についても準用されており（26条）、この場合の医療機関は原則として特定感染症指定医療機関、第一種感染症指定医療機関、第二種感染症指定医療機関となる。