既に知られている感染性の疾病（一類感染症、二類感染症、三類感染症及び新型インフルエンザ等感染症を除く。）であって、法で定める強制措置によらなければ当該疾病のまん延により国民の生命及び健康に重大な影響を与えるおそれがあるものとして政令で定めるものをいう。　

現在指定されている疾病はない。トリインフルエンザ（H5N1型に限る）は、2006年6月12日から2008年6月11日の間指定感染症として指定され、その後法改正により二類感染症となる。