• 全数把握 - ウイルス性肝炎（E型及びA型肝炎を除く）、クリプトスポリジウム症、後天性免疫不全症候群、梅毒、アメーバ赤痢、急性脳炎（ウエストナイル脳炎及び日本脳炎を除く）、クロイツフェルト・ヤコブ病、劇症型溶血性レンサ球菌感染症、ジアルジア症、髄膜炎菌性髄膜炎、先天性風疹症候群、破傷風、バンコマイシン耐性黄色ブドウ球菌感染症、バンコマイシン耐性腸球菌(VRE)感染症、風疹、麻疹の16疾患
• 小児科定点把握 - RSウイルス感染症、咽頭結膜熱、A群溶血性レンサ球菌咽頭炎、感染性胃腸炎、水痘、手足口病、伝染性紅斑、突発性発疹、百日咳、ヘルパンギーナ、流行性耳下腺炎の11疾患
• インフルエンザ定点把握（小児科・内科） - インフルエンザ（鳥インフルエンザを除く）の1疾患
• 眼科定点把握 - 急性出血性結膜炎、流行性角結膜炎の2疾患
• STD定点把握（産婦人科・皮膚科・泌尿器科・性病科） - 性器クラミジア感染症、性器ヘルペスウイルス感染症、尖圭コンジローマ、淋菌感染症の4疾患
• 基幹定点把握（内科・外科を持つ300床以上の病院） - クラミジア肺炎（オウム病を除く）、細菌性髄膜炎（髄膜炎菌性髄膜炎を除く）、ペニシリン耐性肺炎球菌感染症、マイコプラズマ肺炎、無菌性髄膜炎、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌感染症、薬剤耐性緑膿菌感染症の7疾患

以上の合計41疾患。