感染力や罹患した場合の重篤性などに基づき、感染症を危険性が高い順に一類から五類に分類する。既知の感染症であっても、危険性が高く特別な対応が必要であると判断される場合は、政令により「指定感染症」に指定し対応する。また、既に知られている感染症と異なり、危険度が高いと考えられる新たな感染症が確認された場合「新感染症」として分類し対応する。SARSや人獣共通感染症への対策もある。

また、動物の感染症には、狂犬病予防法や家畜伝染病予防法の規制もあるが、狂犬病、ブルセラ病など双方に指定されている病気もある。