人間の場合、Chlamydia trachomatis (クラミジア・トラコマチス) はトラコーマ、性器クラミジア感染症、Chlamydophila(Chlamydia) psittaci はオウム病、Chlamydophila(Chlamydia) pneumoniae はクラミジア肺炎、気管支炎の原因となる。 細胞壁がないため、ペニシリン系・セフェム系のβラクタム抗生物質は無効であり、マクロライド系・テトラサイクリン系・ニューキノロン系といった抗菌剤が治療には用いられる。

淋菌やクラミジアなどによって引き起こされる肝周囲炎はFitz-Hugh-Curtis症候群と呼ばれる。