新薬が次々と開発され、投薬治療によって病気自体はウイルスの減少により日常生活を送れるようになってきたが、その反面、強力な薬であるため副作用も強く、色々な問題が出てきている。長期の投薬による副作用により、肝臓病に至る場合もある。リポジストロフィーによる体脂肪異常は代表的な例である。