血液中のCD4陽性T細胞がある程度まで減少していくと、身体的に免疫力低下症状を呈するようになる。

多くの場合、最初は全身倦怠感、体重の急激な減少、慢性的な下痢、極度の過労、帯状疱疹、過呼吸、眩暈、発疹、口内炎、発熱、喉炎症、咳など、風邪によく 似た症状の、エイズ関連症状を呈する。また、顔面から全身にかけての脂漏性皮膚炎なども、この時期に見られる。大抵これらの症状によって医療機関を訪れ、検査結果からHIV感染が判明してくる。

その後、免疫担当細胞であるCD4陽性T細胞の減少と同時に、普通の人間生活ではかからないような多くの日和見感染を生じ、ニューモシスチス肺炎（旧 カリニ肺炎）やカポジ肉腫、悪性リンパ腫、皮膚ガンなどの悪性腫瘍、サイトメガロウイルスによる身体の異常等、生命に危険が及ぶ症状を呈してくる。また、HIV感染細胞が中枢神経系組織へ浸潤し、脳の神経細胞が冒されるとエイズ脳症と呼ばれ、精神障害や認知症、酷い場合は記憶喪失を引き起こすこともある。最近は医療技術の進歩でエイズ死亡率は下がってきたが、なおエイズによって引き起こされる日和見感染症は、最終的に死に至る病気である事には間違いない。