感染をすると、潜伏期 (2日〜10日間) を経て水泡形成する。水疱はほどなく潰れ、潰瘍状になり色素沈着をし治る。この病気の特徴は痛みである。潰瘍そのものの、痛みと神経痛を伴う。また、患部近くの神経麻痺を起こす可能性があり、排尿障害や排便障害などの機能障害を来たすことがある。

、無症候性 (症状が出ない) 性器ヘルペス患者が多いことを念頭に置かなければならない。