淋菌は人とチンパンジーだけに感染する。白人は蒙古人（日本人も含む）よりも淋菌に対して感受性が高く、B血液型と関係するといわれている。

近年、淋菌の抗生剤耐性菌が増え、新しい抗生剤や抗菌剤に対しても短期間に耐性を獲得する。その理由として、首都圏でのオーラルセックスを主体とした風俗サービス（ファッションマッサージ・ピンサロ・キャバレーなど）が原因である。

無害のほとんどのナイセリア菌は口腔内・咽頭内で常在菌として存在している。これらナイセリア菌は、宿主の人が気管支炎や風邪などの感染症に罹患する毎に、医師から処方される抗生剤の被曝チャンスを頻回に受ける。その結果、様々な抗生剤に対して耐性を獲得する。オーラルセックスで浸入した淋菌は、親戚である口腔内のナイセリア菌と遺伝子組み換え（交差現象）を行い、容易に抗生剤耐性を獲得すると考えられる。現在レボフロキサシンに対しては高度耐性を獲得している。

クラミジアとの重複感染もまれではなく、留意を要する。