一般にコンドームの使用による予防効果は極めて高いが、性器の周囲にもウイルスが潜伏していることがあるため、最近の疫学調査では必ずしも完全ではないとされている。よく、相手の性器を確認することが重要とされているが、無症候の潜伏期間である場合も多く不完全である。完全な予防法としては、以下があげられる。いずれもお互いに1年以上誰とも性行為を行っていないことが最低条件である。

• 女性

感染の可能性がある男性に出会ってから1年以上、その男性が自分を含めて一切誰とも性行為を行っておらず、1年以上何の症状も示さなかった場合には、その男性とコンドームでSEXしても99％感染は無い。

• 男性

感染の可能性がある女性に出会ってから1年以上、その女性が自分を含めて一切誰とも性行為を行っておらず、この間何の症状も示さず数ヶ月の期間をおいて2回以上の細胞診で陰性であった場合には、その女性とコンドームでSEXしても99％感染は無い。