真獣類の分類は、リンネ以来数百年にわたって、特に「目」以上の単位では、めったに変動することがなかった。しかし近年、哺乳類の分類学はかつてない勢いで刷新されつつあり、ほんの10年か20年前の知見が、ひどく時代遅れのものとなる状況が生まれている。

この状況を生み出した要因の一つは、南半球を含むさまざまな現場での、化石発掘調査の著しい進展である。たとえば、最古の真獣類（有胎盤類には含めないことが多い）、エオマイア・スカンソリアの化石は、2002年、中国遼寧省で発見されたが、これにより、この化石の推定年代である1億2500万年前（白亜紀前期）には、すでに原始的な真獣類が発生していたことが明らかとなり、真獣類の歴史は一気に4000万年さかのぼった。

もう一つの、さらに大きな影響を及ぼした要因は、分子生物学、とりわけ、遺伝子配列解析という新しい手法の出現と流行である。これは、動物の細胞内にあるミトコンドリアや核のDNAにおける塩基配列を調べ、グループごとの類縁関係を、統計学的に明らかにしていく手法である。このアプローチにより、真獣類の系統樹は、かつての形態学的な研究によるものとは幾分異なった形で再編成されることになった。

遺伝子研究による分類では、現生の真獣類を、系統的に近いと思われるものごとに、にまとめた。クレードとは分類階級（綱、目など）を特定しない表現で、階級を割り当てるときは上目とされることが多い。

この新しい分類は、従来のものとはいくつかの点で大きく異なっている。たとえば、コウモリの仲間は、解剖学的な特徴から、従来はサル目などと同じ大グループ（上目）に分類されていたが、遺伝子研究から得られた知見によれば、食肉類やクジラと同じ大グループということになる。

また、従来のモグラ目（食虫類）は、トガリネズミやモグラからなるメインのグループから、アフリカに分布するテンレック類とキンモグラ類の小グループが分離されて、前者はローラシア獣類、後者はアフリカ獣類と、2つの異なった上目グループに所属することになった。

今後、分子生物学と古生物学の両陣営が、懸隔を乗り越えて歩み寄り、互いに補い合って1つの統一的な体系を作り上げるには、なお多くの議論と譲歩が積み重ねられなければならないだろう。 だが、新しいアプローチである遺伝子研究が、哺乳類の歴史の研究に大きな進展をもたらしつつあることは確かである。

たとえば、哺乳類がさまざまな「目」に分化し始めたのは、従来の化石研究では恐竜絶滅後（約6000万年前）のことと考えられていたが、遺伝子研究によれば、分化そのものは約1億年前にすでに始まっていたとされる。

また、前述の、最古の真獣類エオマイアの発見は、原始的な真獣類は従来の説よりもずっと早い時期に出現していたはずだとする分子生物学者の主張を、新たに発見された動物化石が裏付ける形となった、幸運な例である。

また、分子生物学による新たな分類に対応する形態学的形質が、実は古典的な研究でかなり見落とされていたり、重要でない形質として棄却されていたという事実が、解剖学的手段で確認されるといった研究展開も見られるようになった。そのため、古典的な過去の学問とみなされがちであった解剖学が、新たに今日的な意味を持って再活性化してきているという現象も見られる。

真獣類の系統研究は、今まさに、大きな転換期のただ中にあるといえる。