明治以来、目名には「齧歯目」「霊長目」等、原名のラテン語をおおむね忠実に漢訳した漢名が用いられてきた（一般にはしばしば、「齧歯類」「霊長類」のように「類」が慣用されてきた）。だが、1988年、文部省（当時）の『学術用語集　動物学編』において、目以下の名称をすべてカナ書きにし、目名は「ネズミ目」「サル目」のように、それぞれの動物群を代表する動物名（カナ書き）に変えるという改定がなされた。

しかし、たとえば「ネコ目」（食肉目）のネコ亜目とアシカ亜目、イヌ上科とネコ上科のように、亜目、上科のような比較的高い階層の分類階級による動物群は、それぞれ他のグループとは明らかに異なる特有の性質をもつものであり、1つの下位分類群の名前（「ネコ」）によって、目という大きなグループの全体（ネコ・イヌ・イタチ・クマ・アライグマ・パンダ・アシカ・アザラシ・セイウチなどからなる食肉目）を代表させることは、必ずしも直観的なわかりやすさにはつながらない。それゆえに、ラテン名においても、動物の名で代表させた分類単位の名前は、上科よりも下位の分類階級でしか用いられない。

さらに、近年の研究により、偶蹄目とクジラ目の詳細な系統が明らかにされ、「鯨偶蹄目」が創設された。これをカナ書きの原則に当てはめると「クジラウシ目」となるが、これでは「ウナギイヌ」などと大差がない表現である。また、「サル目ヒト科」は教科書にも全く採用されていない。

また、以前からの慣用として、どの分類階級であるかにかかわらず、「○○の仲間」を「○○類」と書くことがあるが、かつての漢名ならば、たとえば「齧歯類」と言えば、それが「目」の階層の「齧歯目」を指すことは明らかであり、他の階層との混同のおそれはなかった。それが、「齧歯目」が「ネズミ目」となることによって、「ネズミ類」という言葉が示す可能性のある階層の範囲が目のレベルにまで広がり、混乱が拡大されたという側面もある。つまり、旧来の用例ならば、たとえば「齧歯類」にネズミの類とリスの類、ヤマアラシの類が含まれることは容易に認識できるが、新しい用例で「ネズミ類」とした場合、これが狭義のネズミ類なのか、リスやヤマアラシの類をも含んだ概念なのかが把握しにくくなってしまっている。

以上のように、この分類名の改定は、分類学の根本理念に対して十分に配慮した上でのものでは必ずしもなく、また、平易化にむしろ逆行する部分もあることから、学界内でも現在なお議論が多い。現状では、旧来の漢名をそのまま用いたり、新しいカナ名と併記したりする例も多い。

日本哺乳類学会・目名問題検討作業部会では、基本的に従来の漢字名で統一すべきという論文を発表し、事実上、用語集の再改定を求めているが、近年はさじを投げているようで、日本産の哺乳類を扱った図鑑として権威ある『日本の哺乳類』（東海大学出版局）では、前の版では「ネコ目（食肉目）」と記されていたものが、2005年の改訂版では「食肉目（ネコ目）」とされている。

※同様に、昆虫において双翅目がハエ目とされるなど、他の分類群でも多くの議論を呼ぶ問題となっている。