感染後数時間から数日で発症する。<ref name="yokohama" >淋菌感染症（淋病）について 横浜市衛生研究所感染症・疫学情報課 </ref> 咽頭の場合は咽頭炎、性器の場合は、淋菌性尿道炎（男性のみ）、子宮頚管炎（女性のみ）を起こす。感染部位は、咽頭・性器などの粘膜のほか、尿道、子宮頸部、直腸などの内膜や、眼の結膜を侵す。<ref name="banyu" >淋菌感染症 メルクマニュアル家庭版</ref > 咽頭の感染では、あまり症状は見られない。

• 男性の場合は多くは排尿時や勃起時などに激しい痛みを伴う。しかし、場合によっては無症状に経過することも報告されている。<ref name="idsc" />
• 女性の場合は数週間から数カ月も自覚症状がないことが多い。症状があっても特徴的な症状ではなく、単なる膀胱炎や膣炎と診断されることがある。<ref name="yokohama" /> 放置すると菌が骨盤内の膜、卵巣、卵管に進み、内臓の炎症、不妊症、子宮外妊娠に発展する場合もある。<ref name="banyu" /> 咽頭や直腸の感染では症状が自覚されないことが多く、これらの部位も感染源となる。<ref name="idsc" />
• 新生児は出産時に母体から感染する。両眼が侵されることが多く、早く治療しないと失明するおそれがある。病原体は血流に乗って身体の各所に広がることもり、関節、肝臓のを覆う膜、心臓の内部が感染する(心内膜炎)場合も有る。<ref name="banyu" />

淋菌感染症は何度も再感染する。<ref name="idsc" />