性行為感染症の原因となる病原体は体液（精液、膣液、血液など）の中に含まれ、おもに人体の粘膜（陰茎、膣、肛門、尿路）を通過して感染する。また、口腔、のど、気道、眼からも感染することがある。傷のない皮膚からの感染のリスクは限りなく低い。