コンドームは、伸ばして陰茎の根元まで十分に被せること。亀頭部分のみや陰茎の半ばあたりまでに被せた状態では使用時に脱落するおそれがあり、コンドームが脱落すると性感染症予防や避妊の目的を果たすことができない。また、陰茎の大きさに応じて適切なサイズのコンドームを選択しないと、脱落あるいは破損のおそれがある。

膣分泌液やローションなどが付着した陰茎にコンドームを被せると、陰茎の上でコンドームが滑りやすくなり、使用時に脱落するおそれがあるので、性交の途中でコンドームを装着するのは好ましくない。また、油性のローションや軟膏等がコンドームに付着するとゴムを劣化させ、使用中に破損するおそれがある。

コンドームは二枚重ねで使用しない。コンドームを厚くして早漏を防止する、あるいはコンドームが破れた時を想定して二重防御する、などコンドームを二枚重ねにするケースも見られるが、二枚重ねしたコンドーム同士の摩擦が強いため、かえってコンドームの破損につながるおそれがある。

精液溜りの空気を十分に抜いておかないと、性交中の体の動きによりコンドームが破損するおそれがある。また、コンドームに尖ったものや爪などで小さな傷を付けていると、その微小な穴から精液が漏れる程度ではなく、性交中の体の動きによりコンドームが用を成さなくなる程の破損を招くことがある。

射精すると陰茎の勃起は急速に解消し、陰茎は小さく柔らかくなるので、射精後の陰茎からはコンドームが脱落しやすくなる。射精後は、コンドームを被せた陰茎の根元を押さえコンドームが脱落しないようにして、膣から陰茎を引き抜くようにする。また、完全に勃起が解消してしまうまで陰茎を膣に挿入していると、膣から陰茎を引き抜いたときに精液が入ったコンドームを膣内に残してしまうことがあるので、射精後はあまり長く陰茎を膣内に挿入したままにしないようにする。精液を他に利用しないのであれば、使用後のコンドームは精液が流れ出さないよう入り口を強く結んでおく。

同じコンドームは二度使用できない。通常、精液を水道で洗い流しても、精子や病原菌は完全にはとれないので、避妊や感染予防の効果は少ない。また、射精1回分の精液を受け止められるように作られているので、複数回の射精を一つのコンドームで行っても精液が漏出するおそれがある。