男性の場合は泌尿器科・性病科、女性の場合は産婦人科・性病科を受診。 咽頭感染の場合は耳鼻咽喉科。 性器感染の場合は患部から体液を採取し、クラミジアの有無を調べる。

どこに感染しても治療法は同じで、テトラサイクリン系、マクロライド系、ニューキロノン系の抗生物質・抗菌剤を2週間程度投与する事で治療できる。症状は数日でなくなる事が多いが完全に死滅していない事があるので、医師の指示通り服用する。薬に耐性のある耐性菌も増加している。途中でやめた場合ぶり返したり、菌が薬剤に対して耐性を持ってしまい症状が悪化したり、治りにくくなることがあるため、医師から完治の診断が出されるまで定期的に通院することが望ましい。

アジスロマイシン耐性のクラミジアも増えている．