感染後数週間で発症するが、無症状の場合もある。男性の場合は、尿道から透明な膿が出る。痛みを伴う場合もある。女性の場合はおりものが増える事があるが、自覚症状はとぼしい。

治療せずに放置しておくと、クラミジアが体内深部に進行し、男性の場合は尿道経由で前立腺炎・副睾丸炎（精巣上体炎）・肝炎・腎炎になる事がある。女性の場合は子宮頸管炎・子宮内膜炎･卵管炎になり、進行すると骨盤腹膜炎になったり肝周囲炎(Fitz-Hugh-Curtis症候群)や卵巣炎を引き起こし、不妊の原因となる事もある。また産道感染により、新生児が結膜炎・肺炎を発症することがある。また絨毛膜羊膜炎をおこし流産、早産の原因ともなる。

自覚症状にとぼしいため、感染に気づかず保菌している場合が多々ある。

喉に感染すると喉が痛くなり痰が増えたりするが、無症状の場合もある。

クラミジアに感染していると、他の性行為感染症やHIVの感染率が飛躍的に高くなる。