不妊治療については宗教上の問題など、倫理的な面からの問題が発生している。 体外受精については、有効であるものの費用が高額であることが問題視されており、公的扶助の必要性が指摘されている。また、体外受精によって起きることのある多胎も危険性が指摘されている。

不妊によって夫婦間の仲に問題が発生することがある。不妊は女性における鬱病率をガン告知や心臓病と同レベルに向上させるとされる。不妊治療は夫婦仲の改善に有効である場合と逆効果である場合の両方がある。また、不妊治療が羞恥心を刺激するとの指摘もある。

特に閉鎖的な社会制度においては、不妊であることによって社会的な圧力を受けることがあり、社会制度的な問題点であると指摘を受けることがある。特に、不妊の原因は男女ほぼ半々であるのに、社会的な圧力は女性側に向けられることが多いため、女性にとって過大なストレスの原因となっている。

一部の女子校で行われている性教育において、性的接触は不要で下劣な行為であると指導されているため、性的接触をせずに妊娠できる体外受精を望む女性が急増している。体外受精により妊娠しても、その後の夫婦間で性的接触がおこなわれず、男性の性欲処理がされずにDVや破壊的行為になることがある。体外受精で性接触をしないで妊娠できることが男性にとって過大なストレスの原因となることは、あまり取り上げられていない。

体外受精で授かった子供と、性的接触で授かった子供では、愛情の差が発生することがある。 特に第1子を体外受精で授かった場合は第2子以降も愛情の差を無くすために体外受精を選択することが多く、高所得・高学歴の女性などが妊娠はお金で出来るという意識を持ち始めるなど、妊娠が性接触を伴わないものという生物学的に本来は有り得ない考えが浸透しつつある。