赤痢菌（せきりきん、Shigella）とは、グラム陰性通性嫌気性桿菌の腸内細菌科の一属（赤痢菌属）に属する細菌のこと。ヒトとサルのみを自然宿主として、その腸内に感染する腸内細菌の一種である。ヒトには主に汚染された食物や水を介して経口的に感染し、赤痢（細菌性赤痢）の原因になる。主に腸管の上皮細胞の細胞内に感染する通性細胞内寄生性菌であり、細胞内では細胞骨格のひとつ、マイクロフィラメントを形成するアクチンを利用して細胞質内を移動して、さらに隣接する細胞に侵入し感染を広げるという特徴を持つ。1898年、志賀潔によって発見され、その名にちなんでShigellaという属名が名付けられた。これは、医学的に重要な病原細菌の学名に日本人研究者の名前が付いている唯一の例である。