細菌叢調査（さいきんそうちょうさ）(Environmental Sampling)とは、ある環境中に存在するであろう細菌、ウイルス、原虫などを調査するものである。「細菌叢」と呼ばれるが、単に細菌ではなく、広く「微生物」を対象としている。それ故、単に細菌調査、環境（微生物）調査や（環境）サーベイランスと呼ばれることもある。

調査は、医学、歯学、薬学、獣医学はもとより、栄養学、理学、農学など幅広い分野の研究者が従事している。