日本医真菌学会（にほんいしんきんがっかい）は、日本における真菌を医学的側面から取り扱う、日本唯一の学際的専門学術団体である。その為、医師や歯科医師、薬剤師など医療従事者の他、獣医学研究者、農学研究者、理学研究者も所属している。 1956年設立。日本医学会第49分科会。ICD制度協議会加盟学会。

英語名は The Japanese Society for Medical Mycology である。

本会の隣接学会として、医学領域では日本細菌学会、日本感染症学会、日本化学療法学会等がある。また、基礎生物学系の学術団体としては、日本菌学会、日本微生物生態学会などがあげられるが、これらでは医師や歯科医師の所属が本会より少ない。

2009年5月には、東京において国際医真菌学会（International Society for Human and Animal Mycology, ISHAM)総会を共催する。