クリプトスポリジウム（Cryptosporidium Tyzzer, 1907）はアピコンプレックス門に属する原虫であり、ヒトを含む脊椎動物の消化管などに寄生する。種と宿主の組み合わせ次第ではクリプトスポリジウム症を引き起こし、致死的になる場合もある。クリプトスポリジウム・パルバム（遺伝子型1または2）は病原性原虫としては唯一、感染症法により特定病原体等（四種病原体）に指定されている。この1属をもってクリプトスポリジウム科(Cryptosporidiidae Leger, 1911)を構成する。