エキノコックス症（えきのこっくすしょう）とは、エキノコックスという寄生虫によって引き起こされる感染症の一つである。エキノコッカス症、包虫症とも呼ばれる。キタキツネやイヌ・ネコ等の糞に混じったエキノコックスの卵を水や食物などからヒトが経口感染する事によって起こる人獣共通感染症である。卵は人の体内で幼虫になり、肝臓に寄生する。肝臓内で増殖し、致死的な肝機能障害を引き起こす。エキノコックスは扁形動物門条虫綱多節条虫亜綱円葉目テニア上科テニア科エキノコックス属に属する動物の総称である。

単包条虫(Echinococcus granulosus)による単包性エキノコックス症と多包条虫(Echinococcus multilocularis)による多包性エキノコックス症がある。単包性エキノコックス症は牧羊地帯に発生し、日本では輸入感染症とされている。